タイトルの状況を説明すると7/1の賞与支給日に2名だけが支給されませんでした。
この2名分は支給されるかもしれないし、されないかもしれないというハッキリしない状況でした。
この場合賞与支払届は
①7/1で（支給された人の分のみ）賞与支払届を提出する
②全員に支給されるのを待って賞与支払届を提出する
③①で提出し、その後2名分が支給された日付で別途賞与支払届を提出する（つまり7月に2回賞与支払があったことになる）
①から③のどれになるのか迷いましたが、おそらく③になるのかなあと考えていました。
この時はその2名分が支給ならない可能性もあり、ハッキリせずいつまで結論を待てば良いのかということもあり
③だろうと予想したのです。
答えは
・
・
・
②です！
「②全員に支給されるのを待って賞与支払届を提出する」です。
たまたま別件で年金事務所の人とやりとりをして聞いたところ、
例えば7/1夏の賞与支給が50名だったとして、内2名がその日支給されず、8/1に支給されたとしたら
（但し賞与は同じ人に2回払うものではないとする）それが終わってから50名分を提出すれば良いそうです
これまで一部の人のみ後日払いすることなど無かったので、その後日払いの日付を記入するところはあるのか？と「賞与支払届」を見てみたら
左端の列の①被保険者整理番号の下の行に④「※上記「賞与支払年月日（共通）」と同じ場合は記入不要です。とあるので、そうでない場合はここに後日払いの日付を入れ支払額を記入します。
ではその後日がどこまで延びても構わないのか？と聞いたら「3ヶ月だったかな？」とつぶやいていました（これは未確認でグレーな答えです）
とにかく、ひとつの賞与支払のくくりの中で一部の人の支給が遅れたら、その人達に支給されるのを待って出揃ったところで賞与支払届を提出する、ということです。
日本年金機構ＨＰには同月中に2回以上賞与が支払われたらまとめて「賞与支払届」を提出して良いという記載もありました。
↓の（12）です。
https://www.nenkin.go.jp/service/kounen/hokenryo/hoshu/20141203.html
その場合の賞与支払年月日は2回目の日付になります。
さらに調べてみると、賞与支払届の右端⑧備考の行の一番下に（初回支払日： 日）とあるのでここに第一回の支払日を記入します。
2回以上の支払いとなると合算での社会保険料なので金額によっては注意が必要になるかもしれませんね。
※賞与1回、2回のカウントは同月中なら2回支給しても1回としてカウントして良しということでしょう、月が変われば2回目となり、ひとつのくくりの中での賞与支払が一部遅れた場合はそれが支給されるまでを1回とする（3ヶ月以内？）
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結局その2名は後日支給になったのですが、そうなった理由は「承認がおりなかったから」ということでした。
普通は承認がおりて支払われるものですよね。。。
ウチの職場の場合はくだらないなんてことはない理由で一部支給が遅れましたが、たぶん私が思いつかないようないろんなケースがあるんだろうと思いました。
まあその都度調べるなりして対処していくしかないわけですが。
